~Naruto-Kun... Continuação da historia do naruto só que agora o shippuden! (texto retirado do site http://www.soanimes.com.br/infoanime.php/narutoshippuden/historia/)

Passando por 2 anos e meio treinando árduamente com o ninja lendário Jiraya, Naruto Uzumaki, agora com 16 anos, regressa à vila de Konoha, sua terra natal, preparado para enfrentar os seus caçadores, a organização Akatsuki de ninjas renegados e para salvar o seu amigo Sasuke Uchiha das mãos de Orochimaru. 
Junto a ele estão os restantes membros da sua velha equipe, Kakashi Hatake, seu antigo mestre e Sakura Haruno discípula da Quinta Hokage, Tsunade que desenvolveu capacidades médicas extraordinárias, além de uma força sobre-humana e determinação ainda maiores. 
Depois se juntarão à equipe Tenzo também conhecido por Yamato, um membro de elite da força ANBU, companheiro mais novo de Kakashi e com habilidades identicas às do primeiro Hokage, e Sai um jovemANBU pertencente a uma facção militarista de Konoha, que aparentemente não possui emoções.